Los años 90: 2.ª parte: "Repeat the three-peat"

Los Bulls comenzaron la temporada 1994-95 diciendo adiós al que había sido su pabellón durante 27 años, el Chicago Stadium, trasladándose a su sede actual, el United Center. Ese año perdieron a Horace Grant y Scott Williams, que se convirtieron en agentes libres y a Bill Cartwright y John Paxson que se retiraron, pero ficharon a Ron Harper, que junto a Steve Kerr, adquirido el año anterior, y los pívots Luc Longley y Bill Wennington, ayudaron a reconstruir el equipo.

Sin embargo, la mejor noticia para los Bulls llegó el 17 de marzo de 1995, cuando Michael Jordan decidió regresar de su retiro. Y lo hizo de la mejor manera posible, anotando 55 puntos ante New York Knicks en su quinto partido tras su vuelta, y llevando a su equipo a los playoffs, donde tras ganar a los Hornets en primera ronda, fueron incapaces de superar al a la postre campeón de la Conferencia Este, Orlando Magic, con jugadores como Horace Grant, Anfernee Hardaway y Shaquille O'Neal, cayendo por 4 a 2.

Al año siguiente perdieron a B.J. Armstrong en el draft de expansión, pero a cambio lograron un trueque de jugadores con San Antonio Spurs que enviaba a Will Perdue a Texas a cambio del cuatro veces mejor reboteador de la liga, el polémico Dennis Rodman, antiguo miembro de los míticos Bad Boys de los Pistons. Con un cinco inicial con Harper, Jordan, Pippen, Rodman y Longley y con quizás el mejor banquillo de la liga, con jugadores como Kerr, Toni Kukoc, Wennington, Buechler y Randy Brown, los Bulls consiguieron pasar de un balance de 47 victorias y 35 derrotas del año anterior al récord de 72-10.​ Jordan ganó su octavo título de mejor anotador, Rodman el quinto consecutivo como mejor reboteador, y Kerr acabó segundo en porcentaje de tiros de 3. Jordan, además, se alzó con la Triple Corona al ganar el Most Valuable Player (NBA) de la liga regular, del All-Star Game y de las Finales. Krause fue elegido Ejecutivo del Año de la NBA, Jackson Entrenador del Año y Kukoc Mejor Sexto Hombre. Jordan y Pippen fueron elegidos en el mejor quinteto de la liga, y ambos junto a Rodman en el mejor quinteto defensivo, haciendo que los Bulls fueran el primer equipo de la historia en meter a tres jugadores en dicha categoría.

Además, la plantilla de ese año batió varios récords más, incluidos el de mejor balance en partidos fuera de casa (33 victorias, 8 derrotas), el mejor arranque liguero (41-3), la más larga serie de partidos ganados consecutivamente (44, 7 de la anterior temporada) y el mejor comienzo en casa (37-0). Fueron también el segundo mejor equipo de la historia en casa (39-2), sólo por detrás de los Celtics de 1986, que consiguieron un 40-1.​ En las Finales ganaron a los Seattle Supersonics de Gary Payton y Shawn Kemppor 4-2, consiguiendo su cuarto anillo de campeones. El equipo de los Bulls de la temporada 1995-96 está considerado como uno de los 10 mejores de la historia de la NBA.

En la temporada 1996-97, los Bulls a punto estuvieron de repetir una campaña con 70 victorias, quedándose a una tras perder sus dos últimos partidos de la fase regular, aunque repitieron su dominio en casa con un 39-2. Tras arrasar de nuevo en los playoffs, se plantaron en la final ante los Utah Jazz de John Stockton y Karl Malone, ganando su quinto título de la década.​ Jordan ganó su noveno título de máximo anotador, Rodman su sexto consecutivo en rebotes, mientras que el propio Jordan y Scottie Pippen, junto con Robert Parish, que jugó su última temporada en activo con los Bulls, fueron incluidos ese año, celebración del 50 aniversario de la NBA, entre los 50 mejores jugadores de la historia de la liga.​

Los Bulls consiguieron lo que se denominó "repeat the three-peat"​ ganando 62 partidos de la liga regular y logrando imponerse en las Finales de la NBA de 1998 a Utah Jazzpor 4-2.​ Jordan se hizo de nuevo con todos los títulos posibles a nivel individual, incluida su décima corona de máximo anotador, mientras Rodman se hacía con su séptimo título de mejor reboteador.​

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